系統性紅斑狼瘡的發病有一定的家族聚集傾向,系統性紅斑狼瘡患者的所有一級親屬中約3%發病,雙卵雙生子的發病率為1%到3%,而單卵雙生子同時患病的機會卻可以高達25%到70%。
目前研究認為系統性紅斑狼瘡的發病是多種遺傳因素,性激素等內源性因素與外源性因素如感染、紫外線、化學藥物等復雜的多層次的相互作用的結果。通常認為是具有遺傳背景的個體在環境性因素及感染等因素的共同作用參與下,引起機體免疫功能異常,從而產生自身抗體以及形成免疫復合物。免疫復合物沉積在各個組織里,從而導致了系統性紅斑狼瘡的發生和進展。